El exdelantero del St Pauli estuvo en el lugar correcto para desviar hábilmente el disparo de Sam Morsy, superando al portero de los Lions, Max Crocombe, y dándole a los Rovers la ventaja al descanso.
Después de que Lyndon Dykes empatara de penalti al comienzo de la segunda parte, Afolayan corrió desde el centro del campo antes de marcar su segundo gol, mientras que el delantero Andri Gudjohnsen añadió un tercer gol de contraataque en el tiempo añadido.
Con esa victoria, el Blackburn suma cuatro triunfos consecutivos sobre los Lions, su mejor racha contra ellos desde 1990, mientras que el Millwall no ha ganado en Ewood Park en sus 11 visitas.